O Instituto Politécnico do Rio de Janeiro foi criado pelo Decreto 13.937 de 24 de novembro de 1989, como órgão vinculado à Secretaria de Estado de Ciência e Tecnologia do Estado do Rio de Janeiro. Iniciou suas atividades em março de 1990 como uma instituição de pesquisa instalada em Nova Friburgo. A sua localização geográfica estratégica permitiu aliar os seus objetivos ao movimento de interiorização da economia no Estado do Rio de Janeiro.
Em 4 de maio de 1993, o IPRJ foi incorporado à Universidade do Estado do Rio de Janeiro, como Campus Regional - Instituto Politécnico, por intermédio do Decreto 18.641, passando a fazer parte do Programa de Interiorização da Universidade. O Ato Executivo número 14 de 01.06.94, da Reitoria da UERJ, regulamenta as atividades deste Campus Regional.
Quanto à extensão universitária, a Incubadora de Empresas de Base Tecnológica (IEBTec), pioneira no interior do Estado do Rio de Janeiro, iniciou suas atividades em 1995 em parceria com instituições como o SEBRAE, a FIRJAN, a Associação Comercial, Industrial e Agrícola de Nova Friburgo, a Prefeitura Municipal de Nova Friburgo, o CNPq e o Centro de Produção da UERJ (CEPUERJ).
Em agosto de 1995, iniciaram os cursos multidisciplinares de Mestrado e Doutorado em Modelagem Computacional. O programa foi recomendado pela Fundação Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) em maio de 1996. Atualmente, possui o conceito 6 na CAPES, que é um conceito excelente, em especial para cursos fora das principais capitais brasileiras. A pós-graduação em Modelagem Computacional tem suporte financeiro da CAPES, do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) e da Fundação Carlos Chagas de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ).
Em 23 de setembro de 1996, foi criado o Escritório de Transferência de Tecnologia que tem como objetivo criar mecanismos para intensificar a interação com a comunidade, sistematizando e aprimorando as suas ações, de forma a reduzir a distância existente entre a Universidade e o setor produtivo.
Em 28 de maio de 1997, através da Resolução número 004/97 do Conselho Universitário da UERJ, foi criado o Campus Regional Instituto Politécnico, vinculado à Coordenação dos Campi Regionais.
Ao final de 1998, foi realizado o workshop Planejamento Estratégico IEBTec 2000, o qual teve por objetivo balizar as ações que seriam realizadas ao longo do biênio 1999-2000, a fim de dotar a IEBTec de condições físicas, técnicas e gerenciais visando a torná-la um mecanismo eficaz no apoio à criação e desenvolvimento de um segmento econômico baseado em tecnologias inovadoras na região Centro-Norte Fluminense. Com base neste trabalho foi tomada a decisão de fundir as ações da IEBTec e do ETT, através da implantação do Núcleo de Desenvolvimento e Difusão Tecnológica (N2TEC), o qual tem como principal objetivo atuar com foco na difusão das tecnologias geradas em sua instituição-sede, a fim de contribuir para a modernização econômica e o desenvolvimento regional, através da agregação de empreendimentos capazes de cumprir esse papel, seja por meio da própria incubação ou através de processos associativos.
Em 1999 foi implantado o curso de graduação em Engenharia Mecânica, que conta atualmente com a entrada de 80 alunos por ano (40 no primeiro semestre e 40 no segundo). O processo de seleção é feito através do Vestibular da UERJ.
Em 24 de janeiro de 2002, através da Resolução 003/02 do Conselho Universitário da UERJ, foi criada a Unidade Acadêmica Instituto Politécnico com três departamentos: Modelagem Computacional (DMC), Engenharia Mecânica e Energia (DEMEC) e Materiais (DEMAT). Também em 2002 é criada a Serra Jr. Engenharia, Empresa Júnior do curso de graduação que gradativamente vem desenvolvendo projetos de consultoria para empresas da região.
Em 2006, foi recomendado pela CAPES o curso de pós-graduação stricto sensu, curso de mestrado, de Ciência e Tecnologia de Materiais do Instituto Politécnico. Este programa possui duas áreas de concentração: Materiais Não-Metálicos e Física e Mecânica de Materiais, e iniciou as suas atividades no primeiro semestre de 2007. O ingresso de novos alunos ocorre mediante a publicação de Edital próprio elaborado pela Comissão de Pós-graduação do Programa de Ciência e Tecnologia de Materiais.
Em 2007, foi aprovada a criação do curso de graduação em Engenharia de Computação do IPRJ. Este curso iniciou as suas atividades em março de 2008 e seleciona, através do Vestibular da UERJ, 40 alunos anualmente (uma única entrada).
Em janeiro de 2011, em consequência das fortes chuvas que atingiram Nova Friburgo, o Câmpus Regional Instituto Politécnico foi duramente atingido, tendo sido destruídas duas casas, o Laboratório de Polímeros e parcialmente o Laboratório de Ensaios Mecânicos e Metrologia (LEMEC). Além destas ocorrências, houve vários deslizamentos no interior do Câmpus e a rua que dá acesso ao IPRJ ficou obstruída em decorrência do deslizamento de vários trechos ao longa da mesma. Portanto, em função destes acontecimentos, o período letivo de 2011 só pôde ser iniciado em maio daquele ano, com a utilização de parte das instalações da Universidade Estácio em Nova Friburgo, alugadas pela UERJ. Enquanto isto, o Reitor da UERJ, com o apoio do Secretário de Ciência e Tecnologia do Estado do Rio de Janeiro, assinou um contrato de locação com opção de compra de dois prédios de 3 andares do Complexo Industrial Triumph International - Filó S.A..
Em 2014, além dos dois prédios alugados foram adquiridos, com recurssos do governo do estado do Rio de Janeiro, outros dois prédios e o estacionamento da antiga área industrial. Atualmente, aguardamos a obtenção de recursos financeiros para que esses prédios possam ser adequados às necessidades específicas do Instituto Politécnico.