O IPRJ , de acordo com a organização acadêmica da Uerj, desenvolve os seus trabalhos de pesquisa através de projetos usualmente ligados a laboratórios ou a programas. São listados a seguir alguns dos projetos:

Laboratório de Adesão e Aderência - LAA
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Laboratório de Experimentação e Simulação Numérica em Transferência de Calor e Massa - LEMA
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Laboratório de Modelagem Multi-escala e Transporte de Partículas - LABTRAN