O Programa de Pós-Graduação em Meio Ambiente oferece o Curso de Doutorado, de caráter multidisciplinar e integra unidades acadêmicas de todos os quatro centros setoriais da Universidade. Os estudos estão agrupados em quatro vertentes: Conservação do Meio Ambiente, Construção Social do Meio Ambiente, Monitoramento e Controle Ambiental e Mudanças Ambientais Globais.

Fazem parte do programa as seguintes unidades acadêmicas: Instituto de Biologia Roberto Alcantara Gomes, Faculdade de Direito, Faculdade de Engenharia, Faculdade de Educação, Instituto de Química, Instituto de Física, Instituto de Geociências, Instituto de Medicina Social e Instituto de Filosofia e Ciências Humanas (todas no campus Maracanã),a Faculdade de Tecnologia (no campus de Resende) e o Instituto Politécnico (no campus de Nova Friburgo).